L’OSU Institut Pythéas regroupe cinq laboratoires d’excellence des sciences de l’observation en Astronomie, en Océanographie, en Écologie, en Géoscience et en Environnement :
CEREGE : Centre Européen de Recherche et d’Enseignement des Géosciences de l’Environnement
IMBE : Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale
LAM : Laboratoire d’Astrophysique de Marseille
LPED : Laboratoire Population Environnement Développement
MIO : Institut Méditerranéen d’Océanologie